Salah satu kegunaan Zeolit dalam bidang pertanian adalah pada pembuatan pupuk kandang Zeolit, yang merupakan campuran antara pupuk kandang dengan mineral  Zeolit. Pupuk kandang Zeolit ini memiliki sifat lebih dari pupuk organik  pada umumnya, yaitu mempunyai rata-rata C/n yang rendah, dan pertukaran kation yang tinggi. Dengan pupuk ini, penggunaan unsur pupuk dapat lebih lama, karena dengan adanya Zeolit tanaman dapat mengkonsumsi pupuk lebih lama.

Zeolit selain memiliki kemampuan sebagai mineral penukar kation, juga memiliki daya tahan yang tinggi untuk menahan ion amonium dan kalium yang terdapat di dalam air, sehingga penggunaan Zeolit dapat meningkatkan sifat-sifat fisika dan kimia tanah, terutama tanah yang mengandung pasir dan sedikit aluminium sulfat serta tanah pozolik.

Jenis Zeolit yang sering digunakan di bidang pertanian terutama adalah jenis klinoptilolit, yang sudah banyak menunjukkan hasil berupa peningkatan ketersediaan unsur nitrogen di dalam tanah, sehingga dapat meningkatkan pertumbuhan dan hasil panen tanaman. Hal ini disebabkan karena adanya pengaruh Zeolit terhadap kapasitas penyerapan (adsorpsi), dan penyimpanan (retensi) amonium dan kalium.

Selain hal tersebut, sifat permukaan Zeolit sangat mudah untuk menyerap kation-kation logam berat seperti Cd, Pb , dan Zn, jadi logam-logam tersebut akan terserap oleh Zeolit, dan tidak dikonsumsi oleh akar tanaman, sehingga tidak akan  meracuni tanaman, karena kandungan logam berat yang ada.

Dalam penggunaannya sebagai pupuk, Zeolit yang digunakan harus memenuhi beberapa perrsyaratan tertentu terkait dengan beberapa karakteristik batuan Zeolit. Syarat mutu Zeolit sebagai bahan pembenah tanah yang ditetapkan oleh Badan Standarisasi Nasional adalah sebagai berikut:

Tabel 3. Syarat mutu Zeolit sebagai bahan pembenah tanah menurut SNI 13-3494- 1994 (2006)

Uraian	Persyaratan
Kadar mineral Zeolit	Minimal 50%
Kapasitas Tukar Kation	Minimal 100 meq/100 g
Kadar Air	Minimal 10%
Ukuran Butir	±40 - 80 mesh

(Sumber : Balai Penelitian Tanah, 2009)

Hardjatmo dan Husaini (1996) menyatakan kandungan mineral Zeolit pada batuan Zeolit yang terdapat di Pulau Flores mencapai 60,2 % berat dengan persentase modernit adalah 55,7 %, sedangkan klinoptilolit hanya 4,5 %. Nilai KTK-nya adalah 151,9 Cmol/kg.

Kemampuan pertukaran kation Zeolit merupakan parameter utama dalam menentukan kualitas Zeolit yang akan digunakan. KTK adalah jumlah meq ion logam yang dapat diserap maksimum olah 1 g Zeolit dalam kondisi setimbang. KTK dari Zeolit biasanya bervariasi dari 1,5 sampai 6 meq/g. Nilai KTK Zeolit berbanding lurus dengan jumlah atom Al yang terkandung di dalamnya, makin banyak jumlah atom Al maka makin tinggi nilai KTK dari Zeolit. KTK ini merupakan penentuan kemampuan tanah untuk mengikat (mengawetkan) pupuk yang diberikan

Pemanfaatan Zeolit sebagai bahan pembenah tanah, yaitu dapat ditebar langsung ke tanah maupun dicampur dengan pupuk.

o    Ditebar langsung ke tanah

Struktur Zeolit termasuk cukup stabil di dalam tanah. Dengan struktur yang stabil tersebut, pengaruh aplikasi Zeolit pada tanah-tanah marginal dapat terlihat selama beberapa tahun. Semakin halus ukuran Zeolit pengaruhnya akan semakin baik tetapi daya tahannya akan lebih pendek. Oleh karena itu aplikasi Zeolit sebagai bahan pembenah tanah sebaiknya berupa campuran antara Zeolit ukuran halus dan kasar.

o    Dicampur dengan pupuk

Penggunaan Zeolit sebagai bahan pembenah tanah memerlukan dosis yang tinggi. Oleh karena itu, perlu cara-cara yang lebih efisien, yaitu dengan mencampur Zeolit dengan pupuk.